Сім найкращих програм для молекулярного моделювання

ChemDoodle – хімічний скетчер, який містить багато функцій для роботи з хімічною графікою. Це програмне забезпечення для молекулярного моделювання хімії є одним із найкращих, які ви можете знайти на ринку. Він має дуже зручний інтерфейс користувача (User Interface), який може використовуватися школярами для інженерів-хіміків. Він може створювати хімічні 3D-структури з високоякісною 3D-графікою, а також швидко будувати та керувати схемами реакцій у режимі реального часу.

ChemDoodle поставляється з деякими програмними інструментами, які називаються «Віджети». Це міні-додатки, які виконують різні завдання, сприяючи створенню молекулярної графіки. Такими завданнями можуть бути обчислення молекулярних мас, проведення елементного аналізу, пошук баз даних хімічних структур тощо. Крім того, ChemDoodle включає платформу візуалізації під назвою ChemDoodle 3D, яка перетворює 2D-хімічні структури на індивідуальні 3D-моделі.

Програмне забезпечення сумісне з Windows, Mac OS X і Linux. Він також доступний на смартфонах, що дозволяє переносити ваші 3D-дизайни між настільними комп'ютерами та мобільними пристроями.

Hypercube — це програмне забезпечення для молекулярного моделювання, яке використовується багатьма хіміками завдяки своїй функціональності та зручному інтерфейсу користувача (інтерфейсу користувача). Основним пакетом цього програмного забезпечення для молекулярного дизайну є «ГіперХім». Програмне забезпечення «ГіперХім» підтримує безліч функцій, пов'язаних з хімічним 3D проектуванням, таких як моделювання білків, молекулярне моделювання, молекулярна візуалізація, розрахунки хімічних структур та інші операції, пов'язані з біоінформатикою.
Hypercube пропонує різне інше спеціалізоване програмне забезпечення для молекулярного моделювання, залежно від вашої сфери діяльності в хімії. Одним з них є програмне забезпечення «HyperProtein», яке орієнтоване на моделювання білків. Крім основних функцій, пов'язаних з моделюванням і симуляцією, які може забезпечити програмне забезпечення HyperChem, воно включає в себе деяке програмне забезпечення, пов'язане з вирівнюванням послідовностей і створенням філогенетичного дерева для сімейств білків.

Ще одне програмне забезпечення для молекулярного моделювання хімії, яке ви можете вважати простим у використанні, є Avogadro.

Avogadro — це програмне забезпечення, яке підтримує імпорт хімічних файлів і генерує кілька пакетів обчислювальної хімії. Він використовується в багатьох галузях наукової діяльності, таких як обчислювальна хімія, молекулярне моделювання, біоінформатика та матеріалознавство, від студентів до досвідчених хіміків. Однією з ключових переваг цього програмного забезпечення є те, що воно пропонує гнучкий високоякісний рендеринг і розширені функції для редагування молекул.

ChemAxon — це інструментарій для представлення хімічної структури, який може бути дуже корисним, якщо ви інженер-хімік або навіть студент бакалаврату з хімії. Програмне забезпечення має дві основні функції, які розташовані у двох окремих додатках. Перша з цих функцій називається «Стандартизатор» і допомагає перетворювати хімічні структури в індивідуальні 3D-молекулярні представлення. Крім безлічі заздалегідь визначених дій, які надає додаток, користувач може реалізувати деякі свої власні. Інша ключова особливість цього програмного забезпечення для проектування хімії називається «Перевірка структури». Ця програма пропонує вам можливість редагувати та змінювати будь-які проблеми, які у вас можуть виникнути зі структурою молекулярного малюнка. Він шукає в молекулах структурні проблеми, і як тільки помилка знайдена, програмне забезпечення автоматично надає рішення в режимі реального часу. "Перевірка структури" - це дуже корисний інструмент, який оцінить будь-який користувач хімічного малювання, оскільки він виявляє помилки та неправильні характеристики, особливо коли нова молекула додається до простору малювання.

Функція «Стандартизатор» – Chemaxon

Функція «Перевірка структури» – chemaxon

BIOVIA Draw - це програмне забезпечення для молекулярного малювання, яке адресоване в основному хімікам і досвідченим фахівцям хімічної промисловості. Він пропонує вченим повний набір інструментів для малювання та модифікації складних молекул, хімічних реакцій та біологічних послідовностей. Його інтерфейс простий в освоєнні та пропонує можливість перегляду, передачі та архівування наукової інформації.

MolView — це програмне забезпечення для моделювання хімії з зовсім іншим інтерфейсом, ніж інші пакети, згадані вище. Його головна відмінність полягає в тому, що він є безкоштовним і онлайн веб-додатком. Це дуже проста у використанні програма, навіть якщо у вас немає попереднього досвіду роботи з програмним забезпеченням для 3D-моделювання. Цей веб-додаток з відкритим вихідним кодом можна використовувати і як молекулярний редактор, і як переглядач 3D-моделей. Як користувач, ви можете завантажувати молекули з великих баз даних, таких як PubChem, RCSB Protein Data Bank і Crystallography Open Database. За допомогою MolView, окрім створення структурних формул, ви також можете використовувати його для відображення білків, моделювання та симуляції складання білків та представлення ланцюга. І останнє, але не менш важливе: ви також можете експортувати різні типи даних у форматі PNG (як знімок з інтерактивного спектру) або у форматі файлу JCAMP (файл JCAMP-DX поточного спектру). 
ACD/ChemSketch — це пакет для хімічного малювання, який ви можете завантажити безкоштовно або придбати, якщо ви маєте намір використовувати його в комерційних цілях. Але майте на увазі, що безкоштовна версія ChemSketch не включає в себе всі можливості комерційної версії. Однак це досить повне програмне забезпечення, яке може використовуватися в освітніх цілях як учнями старших класів, так і студентами-хіміками. За допомогою цього програмного забезпечення можна малювати органічні хімічні структури, структури металоорганічних сполук, полімерів та структури Маркуша. Як користувачеві, вам також надається можливість обчислити молекулярні властивості, такі як молекулярна маса, щільність, молярна рефракція тощо. Також можна попередньо переглянути свій 2D-молекулярний дизайн у 3D, щоб краще візуалізувати спроектовану структуру. 

Яке програмне забезпечення для молекулярного моделювання ви виберете?

Якщо ви зацікавлені в ознайомленні з програмним забезпеченням для молекулярного моделювання для хімії, зрештою ви знайдете те, яке вам найбільше підходить. Від програмного забезпечення, пов'язаного з 3D-моделюванням і симуляцією хімічних структур, до пакетів моделювання, ринок може запропонувати вам багато варіантів.